厦门市特殊教育学校前身是厦门市盲聋哑学校,创办于一九五九年六月十二日,校址在本市中山路旗杆巷二号三楼。后来,随着学校规模扩大,又迁至定安路大字酒巷七号。1997年，厦门市委、市政府投资2000多万元在前埔柯厝建设新校（该工程为当年市委、市政府“为民办实事工程”之一），1998年学校由中山路迁至厦门市思明区前埔柯厝路400号，学校更名“厦门市特殊教育学校”。学校拥有崭新的办公楼、教学楼、多功能室、学生公寓、塑胶跑道、篮排球场、网球场等配套齐全的现代教育设施，是一所配套齐全、功能丰富、环境优美的现代化特殊教育学校。
1998年9月，学校扩大招生规模，开办培智初中班和聋人职业高中班，开设“工艺美术”、“美容美发”、“烹饪”专业。招收1个培智初中9名，聋人职业高中班16名。2008年，与厦门城市职业学院合办聋人大专班，招收学生32名。
随着特殊教育的发展，文明程度的提高，专业类别扩大后的不同要求，特别是2014年，学校根据上级部署，开办自闭症九年义务教育，2016年开办培智高中职业教育。2017年，又在我校加挂“厦门市特殊教育资源中心”,将面向全市各区特校、随班就读等提供资源、评估、教育、培训和巡回指导等服务，编制了《特殊教育政策法规》和《特殊孩子家长支持手册》，首创了前台文本，后台网络平台支持的模式。开通心理咨询热线，“特殊儿童家长与教师支持服务热线平台”，不断推行咨询师和专家热线值班制度等工作，使得热线发挥辐射功能，更好服务残疾学生和家长等。
目前，厦门市特殊教育学校根据学生类别分为听障部、康复部、职业部和资源中心，实行特殊教育十二年一贯制。接受教育的特殊儿童人数223人，25个班级。听残95人，12个班；智力残疾48人，4个班；自闭症80人，10个班；102名教职员工。
学校奉行“发扬传统，确保质量，提高素质，开创特色”的办学思想，不断加大教改力度，大力强化学校管理，注重残疾学生各方面全面发展，有效提高了学生的综合素质。形成了独具特色的办学风格，为学生的升学和就业奠定了良好的基础。
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